• Yukarıda sayılan tüm denetim ve sertifikalama işlemleri için her bir üretim döneminde ayrı ayrı sertifika ücreti ödenir
• Doğal Tohum kullanıldığından verim düşüktür,
• Suni Gübre kullanılmadığından verim düşüktür,
• Organik Gübre ve İlaçlar kimyasallara oranla çok daha pahalıdır
• Organik ilaçlar kimyasallar kadar etkili olmadığından fire verilir
• Tarlaya traktör ve tarım aracı giremediğinden işçilik maliyeti yüksektir
• Eğer öncesinde tarlada kimyasal gübre ve ilaç kullanılmışsa 5 yıla varan süreyle tarla bekletilir
• Organik ürün tüketimi düşük olduğundan, organik üretim yapan işletmeler küçüktür, birim maliyetler yüksektir.